Redan 1326 omtalas Curia decani, det hus som Skarabiskopen Sigfrid skänkte till dekanatet när han var dekanus, dvs hög befattningshavare inom kyrkan. Denna byggnad tros ha förstörts i 1447 års brand. Fem år senare uppförde ärkebiskopen ett stenhus på samma tomt.
Byggnaden har en lång historia och utvecklingen har skett i tre etapper. I det nuvarande dekanhuset finns stora delar av den forna byggnaden bevarade. Källarkomplexet under norra delen lär vara ursprunglig, och detsamma gäller delar av övermurarna upp till tredje våningens fönsterhöjd. Det tidiga dekanhusets plan har omslutit ungefär två tredjedelar av nuvarande byggnad.
Det Julinskiöldska palatset
Akademiräntmästare P Julinskiöld köpte det forna dekanhuset och lät 1746 uppföra ett palatsliknande stenhus i fyra våningar med det befintliga huset som utgångspunkt. Enligt syneprotokoll över fastigheten innehöll huvudbyggnaden 45 eldrum och utgjorde förmodligen den dittills största och magnifikaste privatbostaden i Uppsala. Av de Julinsköldska våningsinredningarna finns stora delar kvar inom representations- och bostadsvåningarna.
Byggnadens fasader hade en röd avfärgning med ljusgrå pilastrar och mörkgrå rustikvåning. Det Julinskiöldska palatset kompletterades på sin västra och södra sida av en serie ekonomihus som tillsammans med övriga mindre byggnader omslöt en förhållandevis stor gård.
Efter akademiräntmästarens konkurs och död 1768 övertogs fastigheten av Uppsala universitet som drev fastigheten som hyreshus.
Insidan av Dekanhuset som idag är kontor. Foto: Åke E:son Lindman
Byggdes om till katedralskola
På 1830-talet inköptes fastigheten för att användas som katedralskola, och fick en helt ny karaktär. Byggnaden gavs en yttre klädnad helt i nyklassicistisk anda. Nya fönstertyper sattes in och den tidigare röda och ljusgrå fasaden blev gulvit. De fritt liggande ekonomiflyglarna revs och lämnade plats för den nya skolgården. Interiört omstuvades huvudvåningarna och takvåningen delvis, mindre rum slogs samman till större klassrum och tredje och fjärde våningarnas södra hälfter revs och en ny större högtidssal tillkom.
Efter katedralskolans flytt 1869 uppläts byggnaden till folkskoleseminarium och därefter till olika ändamål för Uppsala stads och Uppsala universitets räkning.
Forskning med förödande konsekvenser
1922 bildades Statens institut för rasbiologi och verksamheten flyttade in i Dekanbyggnaden. Där bedrevs rasbiologisk undervisning och forskning som fick förödande konsekvenser för olika grupper i samhället och med ett mänskligt lidande för utsatta individer som följd. Verksamheten blev starkt ifrågasatt och slutligen förkastad som vetenskap. Institutet lades ned 1958.
Men redan 1937 flyttades verksamheten från Dekanhuset och därefter genomfördes inre ombyggnader efter ritningar av Viktor Holmgren. 1983 gjordes ytterligare ombyggnationer efter ritningar från Carlbrings Arkitektkontor.
Året därpå genomfördes den senaste mer omfattande förändringen, en varsam fasadrenovering efter instruktioner från Ove Hidemark, Månsson Arkitektkontor.