Riddarholmskyrkan invigdes cirka år 1300 och är det egentliga Stockholms äldsta bevarade byggnad med de äldsta tegelmurarna ovan jord. På medeltiden hette den Gråbrödrakyrkan och hörde till Gråbrödraklostret. Här ligger ett flertal svenska kungligheter begravda.
Gråbrödraklostret stängdes 1527 i samband med reformationen och kyrkan blev då protestantisk. Klostrets välgörare kung Magnus Ladulås ligger begravd i högkoret.
När adeln på 1600-talet flyttade till holmen började man säga Riddarholmen och Riddarholmskyrkan.
Spira av gjutjärn från 1800-talet
Kyrkan har en smal gotisk huskropp som kan urskiljas mellan de senare utbyggda gravkoren. Tornbyggnaden tillkom på 1500-talet. Tornspiran störtade i branden 1835 och ersattes med den nygotiska gjutjärnsspiran, ritad av Erik Gustaf Göthe.
Kunglig begravningskyrka 1634
Med Gustav II Adolfs begravning i Riddarholmskyrkan 1634 blev den kunglig begravningskyrka. I gravkoren och gravvalven ligger sjutton svenska monarker med familjer. I de övre och undre gravkoren ligger Sveriges regenter från Gustav II Adolf och framåt. Undantag är drottning Kristina som vilar i Rom och Gustav VI Adolf som vilar på Haga.
I några gravkor ligger militärer från trettioåriga kriget. Kyrkgolvet är täckt med gravstenar och på väggarna hänger Serafimerriddares sköldar tätt.
Sedan 1809 äger inga reguljära gudstjänster rum här utan Riddarholmskyrkan fungerar som museum och minneskyrka. Varje sommar presenteras ett konsertprogram i Riddarholmskyrkan med några av landets främsta musiker inom klassisk och gregoriansk musik. Konserterna ingår i den ordinarie entréavgiften till kyrkan.
Kungen har dispositionsrätt till kyrkan.