När Malmö blev säte i generalguvernementet som utgjordes av Skåne, Halland och Blekinge efter freden i Roskilde 1658 behövde guvernören Gustaf Otto Stenbock någonstans att bo och verka. Han inrättade sig i det Lochska huset som låg på den nuvarande residenstomten.
Lochska huset kallades senare Kungshuset, och Gustaf Otto Stenbock tog även ett angränsande hus i anspråk. Husen låg vid Stortorget i Malmö. Båda husen var sannolikt byggda i slutet av 1500-talet och låg på den nuvarande residenstomten.
Förslag på nybyggnad stoppades av pengabrist
År 1729 föreslog dåvarande landshövding Johan Cronman en nybyggnad och bad fortifikationsöversten Lorentz Christoffer Stobée att ge förslag till ett nytt residens. Stobée lämnade ett storstilat förslag, men brist på pengar och godkända ritningar gjorde att Cronman tvingades att välja en blygsammare lösning. Kungshuset fick till största delen stå kvar medan det bredvid revs och i stort sett ersattes med en spegelbild av Kungshuset, så att de båda bildade en enhet. Arbetena utfördes 1729–30. Den nya byggnaden hade två våningar, ett högt och spetsigt sadeltak och volutprydda gavlar.
Genomgripande renovering för att rädda huset
Landshövding Cronman åstadkom ett nytt residens för endast hälften av vad det mer raffinerade Stobéeska förslaget skulle ha kostat. Men tydligen fick kvaliteten sitta emellan. Bland annat bågnade fasaden mot Stortorget och man var rädd att den skulle rasa ihop. En genomgripande renovering blev nödvändig. Den genomfördes under 1777 och innebar bland annat att fönsterindelningen i torgfasaden ändrades och att stora delar av murverket i det gamla Kungshuset ersattes med nytt.
Nuvarande utseende på Malmö residens
I mitten av 1800-talet lät kung Oscar I meddela dåvarande landshövding Posse att han inte var nöjd med residensbyggnadens yttre utan tyckte att något borde göras åt saken. Posse skred genast till verket och genom en ombyggnad av exteriören 1851 fick residenset sitt nuvarande utseende. Arkitekt var Fredrik Wilhelm Scholander. Byggnaden fick tre stora takkupor i holländsk renässansstil och fasaden pryddes med sirliga rokokoinspirerade fönsterornament. Det återstod dock många brister i byggnadens inre och 1877 gjordes flera ombyggnader av residenset. Bland annat byggdes ett nytt trapphus och matsalen flyttades till sitt nuvarande läge och fick en tidstypisk nyrenässansinredning.
Residenset avänds som bostad och representationslokaler för landshövdingen i Skåne län. Residensets interiörer och inredning renoverades under åren 1996–2004.
Residenset är statligt byggnadsminne genom beslut 1935 och 1993.