Manillaskolan, som också gett namnet till byggnaden invid vägen till Blockhusudden på Södra Djurgården, var Sveriges första skola för döva och hörselskadade barn. Men det var den spanske ministern Ignacio Maria del Corral som gav platsen namn efter Filippinernas huvudstad.
Den spanske ministern Ignacio Maria del Corral blev förtjust i trakten vid Tolvöresholmen (Manilla holme) på Södra Djurgården och fick 1788 tillstånd av Gustav III att använda området. Ministern döpte platsen till Manilla och anlade en park och flera byggnader, bland annat ett lusthus som fortfarande finns kvar. Ett kruthus vid stranden gjordes om till bostad och är i dag en av de äldsta delarna i Nedre Manilla.
Högre upp på tomten byggdes en ekonomilänga med stall, vagnslider och tjänsteboställen och detta blev Övre Manilla. Efter del Corrals tid såldes fastigheten efter att ha styckats i flera delar.
Pär Aron Borgs institut
Det första initiativet till dövinstitut i Sverige togs av Pär Aron Borg, som var självlärd inom området. 1809 höll Borg examination med fjorton blinda och dövstumma barn som han undervisat i sitt hem. Året därpå öppnade han Blindes och döfstummes institut i en fastighet på Drottninggatan.
1812 flyttade verksamheten till Manilla. Trähuset som varit del Corrals ekonomibyggnad rustades upp och fick vinkelställda tillbyggnader. Borg gjorde själv allt arbete efter egna ritningar tillsammans med eleverna och en lärare. Man byggde ytterligare några hus och renoverade ett par äldre byggnader.
Eleverna fick lära sig att läsa och skriva. Borg använde ett handalfabet och teckenspråk med Abbé de L'Epees teorier om dövundervisning som förebild. Detta blev grunden till dagens teckenspråk.
Nytt skolhus
1864 hade verksamheten växt och ett nytt skolhus med plats för 180 elever blev klart. Huset var ritat av Johan Adolf Hawerman som var professor vid Överintendentsämbetet. Det var en stor gulputsad klassicistisk byggnad med svart plåttak och lanternin.
I byggnadens centrala del placerades en kyrksal i två plan med blyinfattade fönster. Kyrksalen används i dag som aula och scen.
Arkitekten E Jakobsson ritade gymnastikhuset som invigdes 1870 och fortfarande används.
1909 var Manillaskolan tvungen att återlämna ett arrenderat område nedanför vägen och riva byggnaderna på holmen från Pär Aron Borgs tid. Då byggde man på skolhuset med en våning och uppförde ett slöjdhus med stall.
Statlig skola
1938 blev Manilla en statlig skola och skolan upphörde att vara internat 1979.
Byggnaderna har renoverats flera gånger under åren. 1998 invigdes en ny byggnad för dramapedagogik ritad av Tallus-Myhrman Arkitekter AB.
De ursprungliga rumsvolymerna återställdes vid en restaurering 1995–96.
Juni 2013 flyttade Manillaskolan till nya moderna lokaler i Konradsberg på Kungsholmen.
Ny skolverksamhet
Höstterminen 2013 startade CAMPUS MANILLA, en systerskola till Fredrikshovs Slotts skola, sin verksamhet i huset. Undervisningen bedrivs med betoning på akademiska ämnen såsom matematik och naturvetenskap samt dess möte med humaniora.
Verksamheten nyttjade halva huset under 2013/14 då renoveringar gjordes.
I dag är Manillaskolan hyresgäst.