Hebbeska huset heter så efter en av ägarna på 1700-talet, men det står på medeltida Gråbrödraklostrets mark och byggdes av en Sparre på 1630-talet. På 1500-talet fanns här ett hus för myntprägling.
Mälarens vatten har gått högre upp än i dag och fynd i sydöstra delen av källaren tyder på att Gråbrödraklostret hade en avfallsplats i strandkanten.
Gustaf II Adolf donerade tomten
1628 förvärvade riksrådet Johan Sparre tomten och lät bygga på huset med tre våningar till ett högt stenhus. Tomten växte med landhöjning och utfyllnader. 2015 gjordes undersökningar av träet i bjälklagen på huset. Det visade sig komma från träd som fälldes vinterhalvåret 1628–1629, någonstans i Södermanland. Det betyder att riksrådet Johan Sparre satte igång med sitt byggande strax efter Gustaf II Adolfs tomtdonation på Riddarholmen den 20 december 1628.
Hebbe – direktör i Ostindiska kompaniet
På 1700-talet ägdes huset av köpmännen och industriidkarna Robert Finlay och John J Jennings. 1760 förvärvades det av kommerserådet Simon Bernhard Hebbe som var direktör i Ostindiska kompaniet. Han och hustrun Ulrica von Bippen gav det en luxuös inredning. Huset var fideikomiss i släkten Hebbe till 1865 då det köptes av staten.
Hebbeska huset
När grannhuset 1865–67 byggdes om till riksdagshus förenades Hebbeska huset med detta. Samtidigt drogs järnvägen över Riddarholmen och skilde Hebbeska huset från Riddarholmskanalen. Effekten mildrades med en låg rundad byggnad i sydöst. Den ersattes senare med den rundade trädgården.